Факультет автоматизації, промислової інженерії та екології має одну навчальну та три науково-навчальні лабораторії:
- загальнофакультетська навчальна лабораторія інтенсифікації та автоматизації процесів сушіння;
- навчально-наукова лабораторія технології наноматеріалів;
- навчально-наукова лабораторія технології та модифікування біополімерів;
- навчально-наукова лабораторія моніторингу довкілля.
Загальнофакультетська навчальна лабораторія інтенсифікації та автоматизації процесів сушіння виконує ряд завдань, зокрема проведення наукових досліджень у галузі розробки високоефективних процесів і обладнання переробної промисловості, методик вимірювання й програмного забезпечення.
Навчально-наукова лабораторія технології наноматеріалів має такі основні наукові функції: 1. Прикладні наукові досліджень у галузі високоефективних виробничих процесів обладнання переробної промисловості, що включають вивчення та впровадження нових технологій, які забезпечують оптимізацію виробничих процесів та підвищення їх ефективності. 2. Розробка методики вимірювання фізичних величин, для забезпечення точності експериментів та впровадження нових технологій. 3. Створення програмного забезпечення для автоматизації вимірювань, обробки та аналізу отриманих даних.
Навчально-наукова лабораторія технології та модифікування біополімерів зокрема проводить прикладні наукові дослідження у сфері розробки та модифікування біополімерів на основі компонентів рослинної сировини, створення інноваційних технологій виділення та модифікування біополімерів, удосконалення процесів з метою підвищення їхньої продуктивності, ресурсоефективності та екологічної безпеки.
Навчально-наукова лабораторія моніторингу довкілля зокрема проводить прикладні наукові дослідження у сфері розробки та впровадження сучасних методів моніторингу стану довкілля, у галузі аналітичної хімії, розробки методів якісного та кількісного аналізу хімічних сполук, удосконалення методик для контролю якості матеріалів, води, ґрунту та повітря.